华中农业大学信息学院生物信息研究生导师：杨庆勇

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姓名：杨庆勇

性别：男

职称：副教授

学位：博士

邮箱：yqy@mail.hzau.edu.cn

工作单位：

华中农业大学信息学院

研究方向：

生物信息学；基因组学；系统遗传学

教育经历：

2007.9 - 2012.6，华中农业大学，作物生物技术，博士。

2003.9 - 2007.6，华中农业大学，生物技术（双学位），学士。

2003.9 - 2007.6，华中农业大学，农村区域发展，学士。

主要职历：

2016.12 - 至今，华中农业大学，信息学院，副教授，硕士生/博士生导师

2015.3 – 2016.12，华中农业大学，信息学院，副教授，硕士生导师

2012.7 - 2015.3，华中农业大学，生命科学技术学院，博士后

科研成果：

主持或参加科研项目及人才计划项目情况

1、国家重点基础研究发展计划（973计划），2015CB250100，油菜高产油量形成的分子生物学机制--高含油量油菜种胚油脂优势积累的代谢特点和分子基础（子课题4），2015/01-2019/12，208万元，在研，参加。

2、中国博士后科学基金会特别资助项目，2014T70710，结合连锁和关联分析解析油菜高油酸性状的遗传基础，2014/06-2015/06，15万元，在研，主持。

3、国家自然科学基金青年科学基金项目，31301005，基于SNP芯片和重测序技术鉴定油菜中新的高油酸位点及其候选基因，项目编号： 2014/01-2016/12，25万元，在研，主持。

4、国家自然科学基金青年科学基金项目，31301091，基于三维结构信息预测蛋白质相互作用及其位点的计算研究，2014/01-2016/12，22万元，在研，参加。

5、国家自然科学基金面上项目，31371659，油菜粒重基因的图位克隆和功能分析，2014/01-2017/12，72万元，在研，参加。

代表性论文（*通讯作者，#并列第一作者）

1. Tao JF, Zhou JZ, Xie T, Wang XT, Yang QY *, Zhang HY. Influence of chromatin 3D organization on structural variations of the Arabidopsis thaliana genome. Mol Plant. 2016 Oct. pii: S1674-2052(16)30224-6. doi:10.1016/j.molp.2016.09.015.

2. Xie T#, Yang QY#, Wang XT, McLysaght A *, Zhang HY *. Spatial colocalization of human ohnolog pairs acts to maintain dosage-balance. Mol Biol Evol. 2016 Sep;33(9):2368-75. doi: 10.1093/molbev/msw108.

3. Xie T#, Zheng J#, Liu S, Peng C, Zhou Y,Yang Q *, Zhang H. De novo plant genome assembly based on chromatin interactions: A case study ofArabidopsis thaliana. Mol Plant. 2015 Mar 2; 8(3):489-492. doi: 10.1016/j.molp.2014.12.015.

4.Yang Q, Fan C, Guo Z, Qin J, Wu J, Li Q, Fu T, Zhou Y *. Identification ofFAD2andFAD3genes inBrassica napusgenome and development of allele-specific markers for high oleic and low linolenic acid contents. Theor Appl Genet. 2012 Aug; 125(4):715-29. doi: 10.1007/s00122-012-1863-1. Epub 2012 Apr 26.

5. Cai G#,Yang Q#, Yi B, Fan C, Edwards D, Batley J, Zhou Y *. A complex recombination pattern in the genome of allotetraploidBrassica napusas revealed by a high-density genetic map. PLoS One. 2014 Oct 30; 9(10):e109910. doi: 10.1371/journal.pone.0109910.

6. Liu H#,Yang Q#, Fan C*, Li Y, Wang X, Zhou Y *. Transcriptomic basis of functional difference and coordination between seeds and the silique wall ofBrassica napusduring the seed-filling stage. Plant Sci. 2015 Apr; 233:186-99.doi: 10.1016/j.plantsci.2015.01.015.

7. Cai G#,Yang Q#, Yi B, Fan C, Zhang C, Edwards D, Batley J, Zhou Y *. A novel bi-filtering method for processing of SNP data improves the quality of genetic map and accuracy of QTL mapping in polyploidBrassica napus. BMC Genomic. 2015; 16(1):409.

8. Xie T#, Fu L#,Yang Q#, Xiong H#, Ma B*, Zhang H *, Xu H. Spatial features forEscherichia coligenome organization. BMC Genomic. 2015 Feb 5; 16(1):37.

9. Wang M, Tu L, Lin M,, Lin Z, Wang P,Yang Q, Ye Z, Shen C, Li J, Zhang L, Zhou X, Nie X, Li Z, Guo K, Ma Y, Huang C, Jin S, Zhu L, Yang X, Min L, Yuan D, Zhang Q, Lindsey K *, Zhang X *, Asymmetric subgenome selection and cis-regulatory divergence during cotton domestication. Nat Genet 2017; 49(4), 579–587, doi:10.1038/ng.3807

11. Cai G,Yang Q, Chen H, Yang Q, Zhang C, Fan C, Zhou Y *. Genetic dissection of plant architecture and yield-related traits in Brassica napus. Sci Rep. 2016 Feb; 16;6:21625. doi: 10.1038/srep21625.

12. Fan C, Wu Y,Yang Q, Yang Y, Meng Q, Zhang K, Li J, Wang J, Zhou Y *. A Novel Single-Nucleotide Mutation in a CLAVATA3 Gene Homolog Controls a Multilocular Silique Trait in Brassica rapa L. Mol Plant. 2014 Dec 7(12):1788-92. doi: 10.1093/mp/ssu090.

13. Hua Y, Zhou T, Ding G,Yang Q, Shi L, Xu F *. Physiological, genomic and transcriptional diversity in responses to boron deficiency in rapeseed genotypes.J Exp Bot. 2016 Oct;67(19):5769-5784.

14. Li Q, Yin M, Li Y, Fan C,Yang Q, Wu J, Zhang C, Wang H, Zhou Y *. Expression of Brassica napus TTG2, a regulator of trichome development, increases plant sensitivity to salt stress by suppressing the expression of auxin biosynthesis genes. J Exp Bot. 2015 Sep;66(19):5821-36.

15. 陶婧芬#, 谢婷#, 郑觉非, 杨庆勇 *, 张红雨 *. 基于染色质交互数据的基因组组装方法 生物技术通报, 2015, 31(11): 43-50. （约稿综述）