华中农业大学信息学院生物信息系研究生导师：陈玲玲

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华中农业大学信息学院生物信息系研究生导师陈玲玲介绍如下：

陈玲玲，女，博士，华中农业大学信息学院， 教授 、博士生导师

电话：18971629***

邮箱：llchen@mail.hzau.edu.cn

工作单位：华中农业大学信息学院

研究方向

植物及微生物基因组、转录组分析；代谢及蛋白互作网络构建及分析

教育经历

2001.09－2004.06， 天津大学， 理学院， 博士研究生

1996.09－1999.06， 青岛化工学院， 化工系， 硕士研究生

1991.09－1995.06， 青岛化工学院， 化工系， 本科

主要职历

2014.07－至今， 华中农业大学信息学院， 教授 、博士生导师

2009.02－2014.06， 华中农业大学生命科学技术学院， 教授 、博士生导师

1999.07－2009.02， 山东理工大学生命科学学院， 历任讲师、副教授

1995.07－1996.08， 山东滨州印染集团公司， 质检员

科研成果

陈玲玲教授近些年来一直从事作物及植物病原微生物的组学数据分析及生物信息学研究工作，具体包括植物及微生物基因组组装注释、转录组分析、代谢及蛋白质相互作用网络构建等研究方向，开发了植物单链导向RNA设计工具CRISPR-P等生物信息分析工具，作为生物信息负责人解析了多种农作物及园艺基因组，构建了多种作物及病原菌的代谢网络和蛋白相互作用网络，以及植物自然反义转录本和多种作物基因组数据库，以共同第一作者在Nat. Genetics发表论文一篇，PNAS论文一篇，以通讯作者（含共同）发表Nat. Commun.论文一篇，Nucleic Acids Res.论文二篇，Mol. Plant论文三篇，Plant J.论文一篇，共发表SCI论文60余篇，其中近五年38篇（第一及通讯作者22篇），所发表论文被引用1300余次。应邀担任国际刊物Current Bioinformatics和Journal of Agricultural Engineering and Biotechnology (JAEB)编委，多次为Mol. Plant,PlantJ.,J. Mol. Evol.,BMC Genomics,Genetics,Gene,《遗传》、《生物化学与生物物理进展》等国内外知名刊物审稿。申请人2018年获国务院政府特殊津贴，先后荣获中组部万人计划科技创新领军人才、科技部中青年科技创新领军人才、教育部新世纪优秀人才、湖北省杰出青年等荣誉称号。所取得的学术成绩主要体现在以下几个方面：

1．作为生物信息负责人参与多种作物基因组解析，包括甜橙、水稻、玉米等，负责基因组的组装注释、转录组分析、重测序数据分析及生物信息平台构建工作。甜橙基因组是世界范围内解析的第一例芸香科植物基因组图谱，约有三万个蛋白编码基因。分析发现甜橙中约有一半基因处于杂合状态，并有显著的橘和柚遗传特征，在此基础上提出了甜橙起源是以柚为母本、橘为父本的二次杂交品种。通过基因组比较及基因表达数据分析，发现了在甜橙果实内大量合成维生素C的关键基因，相关文章发表于国际顶级期刊Nature Genetics（2013, 45: 59-66，共同第一作者），申请人负责基因组注释、转录组分析、重测序数据分析、生物信息平台构建及论文写作及修改。Nature Genetics专门配发评论，该成果被科学网、生物谷、中国教育和科研计算机网、南湖新闻网等多家媒体报导，论文被他引180次，是Web of Science的高被引论文。

2.开发了多个植物生物信息工具及数据库，包括植物单链导向RNA（sgRNA）设计工具CRISPR-P，植物自然反义转录本NAT等数据库。CRISPR/Cas9系统是目前最为广泛使用的基因组编辑系统，候选人课题组2014年率先开发了适用于26种植物的单链导向RNA设计工具CRISPR-P（Mol. Plant,2014, 7: 1494-1496，唯一通讯作者），可以针对多个基因设计sgRNA，预测打靶效率及可能的脱靶位置，并提供sgRNA的酶切位点信息，CRISPR-P文章发表后得到了相关研究者的广泛关注。2017年我们将软件做了以下改进：（1）优化了打靶和脱靶效率的打分系统；（2）包含近几年开发的多种CRISPR-Cas 系统核酸酶及CRISPR-Cpf1系统；（3）包含更多条件的筛选如GC含量、限制性酶切位点的选择及sgRNA的二级结构等；（4）用户上传基因序列寻找sgRNA；（5） 增加到52种植物基因组。相关文章发表于国际著名期刊Mol. Plant（2017, 10:530-532，共同通讯作者），网站访问量超过150万次。鉴于以上学术积累，申请人与合作者发表综述文章，阐述近几年来CRISPR/Cas9系统的最新研究进展，探讨了该技术在植物基因组编辑中的广泛应用（Front. Plant Sci., 2016, 7: 703）。课题组构建了植物NATs数据库PlantNATsDB，开发生物信息学方法预测了69种植物的200多万对NATs, 并整合高通量sRNAs测序数据和功能注释来探索这些NATs的潜在生物学功能。为深入解析非编码RNA的功能奠定了基础，相关文章发表在Nucleic Acids Res. 2012, 40: D1187-1193。另外还构建了柑橘数据库CAP（http://citrus.hzau.edu.cn），水稻多组学生物信息平台RIGW（http://rice.hzau.edu.cn），可检索基因组、转录组、蛋白质-蛋白质互作、代谢网络、代谢物等多组学数据，提供了CRISPR、序列比对、同源基因及功能富集等生物信息工具。RIGW通过直观的网络界面，为水稻研究者提供了丰富的基因组和其它组学数据，相关文章发表在植物学权威刊Mol. Plant上（2018, 11: 505-507，共同通讯作者）。

3. 构建了多种植物病原菌的代谢网络和蛋白相互作用网络、组装注释、比较基因组分析及初步系统生物学分析。针对已测序植物致病细菌注释信息中存在的问题，对它们进行了重新注释，为研究者提供了更为精确的注释信息，进一步对部分植物病原菌的重新注释信息进行了实验验证。针对宿主范围广、危害大、缺乏专用杀菌剂的胡萝卜软腐果胶杆菌，课题组采用同源基因映射的方法，结合基因组数据、已有注释及重新注释信息、实验数据以及文献检索，构建了胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种PC1菌株的全基因组代谢网络模型。该模型基本涵盖了细胞必需的代谢途径。进一步对代谢网络中的毒力因子代谢情况进行分析，筛选了必需基因及潜在的杀菌剂靶标。此外还预测了模型的合成致死基因对，为寻找多靶标组合杀菌剂奠定了基础（FEBS Lett. , 2015, 589: 285-94）。

近些年发表的代表性论文：

1.Sun J, Liu H, Liu J, Cheng S, Peng Y, Zhang Q, Yan J, Liu HJ*,Chen LL*.CRISPR-Local: a local single-guide RNA (sgRNA) design tool for non-reference plant genomes.Bioinformatics, bty970,https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty970

2.Song JM, Lei Y, Shu CC, Ding Y, Xing F, Liu H, Wang J, Xie W, Zhang J,Chen LL*. Rice Information GateWay: a comprehensive boinformatics platform for indica rice genomes.Mol Plant, 2018, 11(3):505-507.

3.Liu H, Ding Y, Zhou Y, Jin W, Xie K*,Chen LL*.CRISPR-P 2.0: an improved CRISPR-Cas9 tool for genome editing in plants.Mol Plant, 2017, 10(3):530-532.

4.Zhang J#,Chen LL#, Sun S, et al. Building two indica rice reference genomes with PacBio long-read and Illumina paired-end sequencing data.Sci Data, 2016, 3:160076.#Co-firstauthors.

5.Zhang J#,Chen LL#, Xing F#, et al. Extensive sequence divergence between the reference genomes of two elite indica rice varieties Zhenshan 97 and Minghui 63.ProcNatl Acad Sci U S A, 2016, 113(35): E5163-71.#Co-firstauthors.

6.Ding Y, Li H,Chen LL*, Xie K*. Recent advances in genome editing using CRISPR/Cas9.Front Plant Sci., 2016, 7:703.

7.Guo J, Zhang H, Wang C, Chang JW,Chen LL*. Construction and analysis of a genome-scale metabolic network forBacillus licheniformisWX-02.Res Microbiol., 2016, 167(4): 282-9.

8.Guo J, Cheng G, Gou XY, Xing F, Li S, Han YC, Wang L, Song JM, Shu CC, Chen SW*,Chen LL*. Comprehensive transcriptome and improved genome annotation ofBacillus licheniformisWX-02.FEBS Lett., 2015, 589(18): 2372-81.

9.Wang C, Deng ZL, Xie ZM, Chu XY, Chang JW, Kong DX, Li BJ, Zhang HY,Chen LL*. Construction of a genome-scale metabolic network of the plant pathogenPectobacterium carotovorumprovides new strategies for bactericide discovery.FEBS Lett., 2015, 589(3): 285-94.

10.Chen D, Fu LY, Zhang Z, Li G, Zhang H, Jiang L, Harrison AP, Shanahan HP, Klukas C, Zhang HY, Ruan Y*,Chen LL*, Chen M*. Dissecting the chromatin interactome of microRNA genes.Nucleic Acids Res.,2014, 42(5): 3028-43.

11.Ding YD, Chang JW, Guo J, Chen D, Li S, Xu Q, Deng XX, Cheng YJ,Chen LL*. Prediction and functional analysis of the sweet orange protein-protein interaction network.BMC Plant Biol.,2014, 14(1): 213.

12.Lei Y, Lu L, Liu HY, Li S, Xing F,Chen LL*. CRISPR-P: A Web Tool for Synthetic Single-Guide RNA Design of CRISPR-System in Plants.Mol Plant,2014, 7(9): 1494-1496.

13.Guo FB, Lin Y,Chen LL*. Recognition of protein-coding genes based on Z-curve algorithms.Current Genomics, 2014, 15:95-103.

14.Xu Q#,Chen LL#, Ruan X#, et al. The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis).Nature Genetics, 2013, 45: 59-66.#Co-firstauthors.

15.Jiao WB, Huang D, Xing F, HuY, Deng XX, Xu Q*,Chen LL*. Genome-wide characterization and expression analysis of genetic variants in sweet orange.Plant J., 2013, 75: 954-964.

16.Chen D, Yuan C, Zhang J, Zhang Z, Bai L, Meng Y,Chen LL*, Chen M*. PlantNATsDB: a comprehensive database of plant natural antisense transcripts.Nucleic Acids Res., 2012, 40: D1187-1193.

备注

2018年获国务院政府特殊津贴

2017年入选中组部万人计划“中青年科技创新领军人才”

2016年入选科技部“中青年科技创新领军人才”

2016年获华中农业大学研究生“教书育人奖”

2015年获湖北省杰出青年基金

2014年获“华中农业大学第五届先进女教职工”

2013年入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”

担任Current Bioinformatics和JAEB编委，多次为国内外知名刊物审稿