国家海洋局第三海洋研究所创建于1959年,隶属于国家海洋局,为公益类非营利性综合海洋研究机构,是国务院学位委员会第二批批准的硕士研究生学位授予单位,建有人事部批准设立的博士后科研工作站,并由国家海洋局与厦门市人民政府共建了“厦门海洋研究开发院”。
现有在职职工347人(其中,中国工程院院士1人、正高级科技人员61人、副高级科技人员50人,具有博士或硕士学位人员169人),客座研究员17人,博士后2人,在读研究生60人。现任所长余兴光研究员。
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